1789’da Paris’te bir cephaneliğin ele geçirilmesi ile başlayan halk ayaklanması, devrim amaçlı olaylara dönüşerek, mutlakiyetçi Fransa’nın çöküşünü beraberinde getirmişti. Pestalozzi ise – örneğin; Viyana’da Avusturya Krallığı gibi o zamanların ilerici bir hükumetinin hizmetinde görevlendirilmek ve böylece – saf mutlakiyetçi yönetim biçimini kurtarmak için, eserlerini yazmaya ve çabalamaya devam ediyordu. Pestalozzi’nin, diğer 16 Avrupalı önemli şahsiyetle birlikte, tek İsviçreli olarak Fransa Ulusal Meclisi tarafından, Fransa fahri vatandaşlığına seçilmesi, bu anlamda oldukça şaşırtıcıdır. Kuşkusuz, Fransız Devrimi’nin birçok talebi, Pestalozzi’nin idealleri ile örtüşmektedir. Mesela; ticaret ve zanaat serbestliği, basın ve inanç özgürlüğü, adil olmayan ödentilerin kaldırılması, vergi kanunu ve halk eğitiminin iyileştirilmesi gibi. Fakat bariz farklılıklar da söz konusudur; Pestalozzi, dış görünüme dayalı eşitliği hiçbir zaman önemsemedi ve genel anlamda geçerli ve moda haline gelmiş bir özgürlük de kendisinin özgürlük konusundaki farklı anlayışına tersti.

Belki de Pestalozzi’nin Viyana ile olan ilişkilerinin kesilmesi ve hemen hemen aynı zamana denk gelen, kendisinin Fransa onur vatandaşlığına kabul edilmesi, Pestalozzi’nin içinde Aristokrasi idealinin çözülmesine ve demokratik düşünceye yakınlaşarak, Fransa’ya sempati göstermesine yol açmıştı. Fransa’daki olaylar hakkındaki yargısı ve devrimin talep edilebilirliği konusundaki duruşu daima mesafeliydi. Bir tarafta devrimcileri davalarında destekliyor, diğer tarafta yeni bir düzenin devreye girmesi için kan dökülmesine karşı çıkıyordu.

Fransız devrimcilerin, 1792 ile 1794 yılları arasındaki katliam hızı, onu korkutuyor ve iğrendiriyordu. Fransa onur vatandaşlığına seçilmesi, Pestalozzi’nin, devrim konusundaki görüşlerini beyan etmesi için bir neden oldu. Böylece çok ilgi çekici ve önemli eseri «Evet ya da Hayır» ortaya çıktı fakat baskısını yaptıramadı. Pestalozzi, yazısında «halktan yana» saf tuttuğunu açıklıyordu. (PSW 10, 142) Ancak bu tavrı, onun devrimin talep ve ifadelerine mesafeli olarak değerlendirilmesine engel olmamaktadır. Bir yandan devrimin fikirlerinden yana taraf belirtirken, diğer yandan devrimcilerin öldürme isteğine karşı çıkar, onların ölçüsüzlüğüne ve şiddet meyillerine – onları her ne kadar anlasa ve bunun kaçınılmazlığını da kabul etse – karşı çıkıyordu. Fakat Fransa başta olmak üzere Avrupa’daki elit zümrenin despotizm ve mutlakiyetçiliğini daha çetin bir şekilde yargılıyor, onları, devrimin ve onunla gelen iğrenç olayların sorumlusu olarak görüyordu. Onun düşüncesine göre bu sefaletin ve onun akabinde dökülen kanın asıl sorumlusu 14. Ludwig idi. Çünkü uzun süreli yönetiminde, zümrelerin haklarını ve böylece dengesini bozmuş ve tüm insanları aynı duruma getirmişti yani hepsini aynı şekilde kötü bir duruma. Devrimi eleştirenler, eşitlik ideolojisinden rahatsızlık duyduklarını dile getirdiklerinde Pestalozzi onlara, devrimcilerin sadece, mutlakiyetçilerin temelini atmış olduğu süreci tamamladıklarını söylemiştir.

Fransız Devrimi, ezilen halk sınıflarını, taleplerini dile getirmek konusunda cesaretlendirerek gölgesini İsviçre’ye de düşürdü. Bu, örneğin Zürich şehir hükumeti tarafından yönetilen Stäfa belediyesinde de yaşandı. Gelişen tekstil endüstrisi birçok kişiyi refaha ulaştırmıştı ama bu kesim de hiçbir şekilde siyasi haklara sahip değildi. Böylece taleplerini bir manifestoyla, ölçülü ve itaatkâr bir şekilde dile getirdiler. En başta, sadece şehirdeki vatandaşların değil aynı şekilde taşradaki insanlarında siyasi haklarını garanti altına alan bir anayasa istiyorlardı. Sonrasında ticari ve sanayi serbestliği istiyor, köy sakinlerinin de öğretmen ve papaz olabilmek için yüksek okula gidebilmelerini, şehir vatandaşları gibi orduda subay olabilmelerini ve adil bir vergi sistemi istiyorlardı. Çünkü – feodalizmin kalıntıları olarak – sadece çiftçiler, ezici haraçlar ödemek zorunda bırakılıyorlardı, tüccarlar, sanayiciler ve şehir vatandaşları ise vergi ödemiyordu. Nihayetinde şehir hükumetine, zamanla gasp edilmiş ve köylerin elinden alınmış önceki hak ve imtiyazları hatırlatıyorlardı.

Şehir hükumeti bu yazıya çok sert tepki gösterdi: Tutuklamalar gerçekleştirdi ve sürgün kararları verdi. Bu durumda Pestalozzi, halkın avukatlığına soyundu ve düşüncelerini, etkili bazı şehir vatandaşlarının görmesini istediği, üç yazı kaleme aldı. Açıktan yayınlanan bir yazısında iki taraf için de anlayış talep ediyordu ama kalbinin köylülerden yana olduğunu da saklamıyordu. Bununla hükumete şöyle sesleniyordu:

«Gerçek bir vatandaş erdemi hem kör bir kölelikten hem de isyanın ham ruhundan uzaktır. Ve vatan, yandaş alçaklıklar nedeniyle yok olabileceği gibi dizginlerin tamamen serbest bırakılmasıyla da yok olabilir. Şu an tehlikeli bir süreçten geçiyoruz ama gelecekteki tehlike çok daha büyük. Eminim ki memleket sadece, vatandaşların duygularının korunmasıyla kurtulacaktır.» (PSW 10, 294)

Ama daha yazısı basılmadan, hükumet 5 Temmuz 1795’de Stäfa‘yi, hiç beklenmedik bir biçimde 2000 askerle bastı. Yine çok sert cezalar söz konusuydu ve idam fermanları veriliyordu. Ancak Pestalozzi, hiç gevşeklik göstermedi ve iki tarafı da sağduyuya çağırdı. Arabulucu olarak kesin hedefleri vardı: Bir taraftan mağdur edilmiş köylüler nihayet haklarına kavuşmalıydı ama diğer tarafta da kan akıtılmasının her türlüsünü – yalnızca idamları değil, köy halkının şiddette dayalı isyanını da – engellemek istiyordu. Elbette sağduyuya davet eden tek kişi Pestalozzi değildi. Fraumünster papazı olan gençlik arkadaşı Johann Kaspar Lavater de sükunete davet ediyordu. Böylece en azından korkulan idamlar ve kanlı olaylar önlenebildi. Ama hala tutukluluklarına ve para cezalarına karar verilmiş olan 260 kişi ağır bir mağduriyet yaşıyordu.

Bu arada Fransa neredeyse tüm komşuları ile savaşa girmiş ve devrimi dünyanın yarısına yayma niyetindeydi. Stäfa olaylarından bir yıl sonra Napoleon, İtalya’da ki başarıları dolaysıyla kendisinden bahsettiriyordu ve bir yıl sonra da İsviçre’ye geldiğinde, çeşitli yerlerde top atışları, bayrakların göndere çekilmeleri, güzel konuşmalar, ateşli şarkılar ve tezahüratlar eşliğinde karşılandı. Devrim dostları, İsviçre’yi de istila edip yeni düzeni zorla kabul ettirmesi konusunda cesaretlendiriyordu.

İçeriden iç savaş ihtimali ve dışarıdan Fransa ordusunun işgaliyle tehdit altında bulunurken, Pestalozzi’nın siyasi önerisi her iki beladan da sakınılmasıydı. Bu arada İsviçre’de siyasi koşulların değiştirilmesinin, Fransa’nın yardımı olmadan başarılamayacağını da anlamıştı. Ona göre, Fransa İsviçre’ye sadece baskı uygulamalıydı ama değişim sürecine doğrudan karışmamalıydı. Fakat Fransızların para hırsını hesaba katmamıştı.

Tüm büyük şehir hükumetlerinin, her tarafta başlayan isyanlar ve Fransızlardan korkuları nedeniyle, 1798 Şubat’ının başında köylü halk için eşit muameleyi ve onlara özgürlük, eşitlik ve kardeşlik temelinde bir anayasayı kabul etmelerine rağmen, Fransızlar, 1798 Mart ayı başında 15 bin askerle ülkeyi işgal etmiş, son direnişi kırmış, ülkeye el koymuş ve fıçılar dolusu altını, öküz arabalarıyla Paris’e götürerek devlet hazinesini soymuştur. Ülkeyi talan etmeleri, kadınlara ve kızlara yönelik saldırıları üzerine Zürih’li papaz Lavater kendisini aşağıda ki açıklamayı yapmaya zorunlu hissetmiştir.

«Aristokrasinin yıkılmış olması bir mutluluk ve birçok asilin hayallerinin gerçekleşmesi olabilir. Siz Fransızlar, İsviçre’ye yağmacı ve zorba olarak gelip sizi asla rencide etmemiş bir ülkeye savaş açtınız. Her açıdan bir kurtuluştan başka bir şeyden bahsetmediniz. Sizin yalan dolu efsanenize göre köleler olmadığımızdan asla körü körüne boyun eğmemeliydik, şimdiyse sizin efsanenize göre özgürüz.»

Fransa, İsviçre’nin çok çeşitliliği ile bilinen şehir devleti modelini değiştirerek, merkezi bir devlete çevirmiş, adına da Helvetik Cumhuriyeti diyerek, bunu da keyfi belirlenmiş kantonlar ve ilçelere ayırmıştı ama onların da artık hiçbir karar yetkileri yoktu; sadece büyük meclisin (Legislative) ve beş kişilik direktoryum (Executive) kararlarını uygulamak zorundaydılar. Bundan dolayı, vatandaşların hukuki eşitliği, inanç, vicdan, basın, ticaret ve zanaat özgürlüğü, dernek ve cemiyetin kurma serbestisi, hükumetten ricada bulunabilme, genel bir vergi kanunu ve feodal kesintilerden kurtulabildikleri ve direktoryum da hakikaten vizyon sahibi ve vatansever düşüncelere sahip kişilerin bulunmasına rağmen İsviçre’lilerin büyük bir bölümü, yeni anayasadan nefret ediyorlardı.

Pestalozzi, kaçınılmaz olanı kabullendi ve yeni anayasada 30 yıldır talep ettiği reformların birçoğunun yerine getirilme sözü verilmesinden dolayı yeni düzenin hizmetine girdi. Ve bu, beş yöneticiden biri olan Albert Stapfer ile olan dostluğundan dolayı, onun için hiç de zor olmadı. Böylece Pestalozzi, İsviçre Hükumetinin asıl iletişim kanalı olarak görülebilecek olan «Helvetik Halk Mecmuası»nın editörü oldu. Bu görevde editör olarak ve ayrıca kaleme aldığı birçok bildiride halka, devrimin anlamını ve beraberinde getirdiği fırsatları anlatmaya çalıştı ve yeni iktidar sahiplerine uyarıda bulunarak, gerçekten sözlerini yerine getirmelerini öğütledi. Fakat halk arasında yayılan, yeni düzenin dinden uzak olduğu konusunda ki söylentiyi yeterince bastıramadı. Devrimcilerin kiliseye ve Hristiyanlığa karşı olan saldırıları fazlasıyla aşikardı ve her ne kadar yeni anayasa inanç özgürlüğü vadetse de papazlara her türlü siyasi etkinlik yasaktı ve onların eğitim ve vaazları polis denetimi altındaydı. Ve aynı şekilde yabancı askerler ülkede kol gezerken ve halk silah zoru altında yeni anayasaya yemin etmeye zorlanırken de çoğunluk kendini özgür hissetmiyordu.

Pestalozzi, editör olarak pek başarılı olmadı. Ne kadar uğraşsa da halkın dilini tutturamıyordu. Yazıları, beğenilemeyecek kadar öğretici ve çoğu zaman küçümseyiciydi. Böylece 1798 yılının başında «yoksullar babası» olarak Stans’da yeni bir göreve getirilmesi hem kendisi hem de işverenleri için iyi oldu.